1914年2月，北洋政府教育部将农科大学改组为独立的“国立北京农业专门学校”，为直属教育部的北京国立八校之一。其时地方割据、军阀混战，学校的发展受到很大限制，但这一时期仍取得了可观的办学成就，师资力量不断加强，学科体系不断完善，逐步摸索中国农业教育的出路，完成了教育模式的转变。

农专时期的教学改革，除大量引入欧美教学制度外，重点之一即加强学生的实地调查研究。从1916年起，每届毕业班都利用假期到国内各地和日本、朝鲜考察实习。

农专在困境中图生存，求发展，九年时间里共有300多名学生从这里毕业。同时，校园里还出现了足球队、网球队，学生会办起了杂志、丛刊。文化生活开展的红红火火。

作为“五四运动”早期发起者之一，农专始终站在运动前列，做出了重要贡献。农大的光荣革命传统，可以说即是从“五四运动”起。